聚合酶鏈式反應：三步：變性：模板DNA加熱變性；復性，引物與它的靶序列發生退火，引物DNA量多，使引物和模板在局部形成雜交鏈；延伸，4種dNTP 與 Mg2+ 存在的條件下，DNA合成酶催化以引物為起始點，按5'-3'方向進行延伸。上面三步為一個循環，可使拷貝數到達2*E－6-2*E－7。PCR產物一段雙鏈DNA，是由它的末端引物的5’端決定的。首輪擴增，其產物是大小不均一的DNA分子。長度應大于兩引物之間的長度。在第二個循環中，由于5'固定，其產物長度就由等于兩引物之間的長度。所以幾十個循環后就會產生大量的兩引物之間序列。多重連接依賴探針擴增允許用單個引物對擴增多個靶標，從而避免多重PCR的分辨率限制。廣州組織定量PCR研究方案

聚合酶鏈反應：熱啟動聚合酶鏈式反應:一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴增的技術。它可以通過將反應組分加熱到變性溫度(例如95 c)在加入聚合酶。[36]已經開發了特殊的酶系統，通過結合抗體來抑制聚合酶在環境溫度下的活性[37][37]或者通過共價鍵結合的抑制劑的存在，該抑制劑在高溫活化步驟后解離。熱啟動/冷完成聚合酶鏈反應是通過新的雜合聚合酶實現的，這些酶在環境溫度下不活躍，在伸長溫度下立即。序列間特異性聚合酶鏈反應(ISSR):一種用于DNA指紋識別的聚合酶鏈反應方法，它放大簡單重復序列之間的區域，以產生擴增片段長度的獨特指紋。電子聚合酶鏈反應(數字聚合酶鏈反應、虛擬聚合酶鏈反應、電子聚合酶鏈反應、電子聚合酶鏈反應)是指計算工具使用給定的一組引物 ( 探針)來擴增來自測序的基因組或轉錄組的DNA 序列，用于計算理論聚合酶鏈反應結果。電子PCR被提出作為分子生物學的教育工具。廣州組織定量PCR研究方案聚合酶鏈反應很容易理解和使用，并迅速產生結果。

現在有些PCR因為擴增區很短，即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內復制完成，因此可以改為兩步法，即退火和延伸同時在60℃-65℃間進行，以減少一次升降溫過程，提高了反應速度。檢測：PCR反應擴增出了高的拷貝數，下一步檢測就成了關鍵。熒光素（溴化乙錠，EB）染色凝膠電泳是很常用的檢測手段。電泳法檢測特異性是不太高的，因此引物兩聚體等非特異性的雜交體很容易引起誤判。但因為其簡捷易行，成為了主流檢測方法。近年來以熒光探針為的檢測方法，有逐漸取代電泳法的趨勢。

聚合酶鏈式反應的常見問題：出現非特異性擴增帶：PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶 與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現，其原因：一是引物與靶序列不完全互補、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多有關。其次是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增。其對策有：必要時重新設計引 物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。聚合酶鏈反應可以用于分析病癥、微生物或其他疾病狀態中基因表達水平的變化。

聚合酶鏈式反應的常見問題：PCR產物的電泳檢測時間一般為48h以內，有些很好于當日電泳檢測，大于48h后帶型不規則甚至消失。假陰性：不出現擴增條帶。PCR反應的關鍵環節有模板核酸的制備，引物的質量與特異性，酶的質量及溴乙錠的使用， PCR循環條件。尋找原因亦應針對上述環節進行分析研究。模板：模板中含有雜蛋白質，模板中含有Taq酶抑制劑，模板中蛋白質沒有消化除凈，特別是染色體中的組蛋白，在提取制備模板時丟失過多，或吸入酚。模板核酸變性不徹底。在酶和引物質量好時，不出現擴增帶，極有可能是標本的消化處理，模板核酸提取過程出了毛病，因而要配制有效而穩定的消化處理液，其程序亦應 固定不宜隨意更改。PCR反應的特異性決定因素為：引物與模板DNA特異正確的結合。上海細胞Real-time PCR網站

PCR的另一個限制是，即使是很少量的污染DNA也可以被擴增，導致誤導或模糊的結果。廣州組織定量PCR研究方案

聚合酶鏈式反應準備：PCR引物設計：PCR反應中有兩條引物，即5′端引物和3′引物。設計引物時以一條DNA單鏈為基準（常以信息鏈為基準），5′端引物與位于待擴增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物與位于待擴增片段3′端的一小段DNA序列互補。引物設計的基本原則：引物長度：15-30bp，常用為20bp左右。引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C 過多易出現非特異條帶。ATGC很好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。廣州組織定量PCR研究方案